農薬使用による弊害は、野菜そのものに使用された農薬が明記されていないため、仮に皮膚炎やアレルギー症状が起こったとしても、野菜そのものの影響なのか、調理後に残留していた農薬のせいなのか、つきとめるのが困難な点にある。食品添加物同様、農薬にも催奇形性や発がん性などの毒性があることがわかっているが、アレルギーについては検証できていないものも多数存在しているのが現状だ。
農薬や除草剤を使えば、大量生産が可能になり、1個当たりの値段を下げることができる。しかし、有機農業はそうはいかない。安心できる農産物を選ぶ人がいなければ、お店はたくさん売れる商品を並べざるを得ないのだ。